Les documents
Fonds manuscrits non administratifs antérieurs à 1790
nombreux documents d'histoire naturelle provenant de la collection de Saporta
Fonds manuscrits non administratifs postérieurs à 1790
idem.
Très importants herbiers XVIIIe - XIXe s. (env. 100000 planches)
Fonds imprimés XVe-XVIIIe siècles
Collection d'ouvrages du XVIIIe s. : zoologie, botanique, minéralogie et fonds d'ouvrages de la collection de Saporta.
Fonds imprimés XIXe-XXIe siècles
environ 3500 ouvrages (thèses comprises) : ethnologie, botanique, ethnobotanique, paléontologie, paléobotanique, zoologie, minéralogie, préhistoire
Périodiques et journaux
20 titres vivants
Fonds photographiques et cartes postales
très important fonds photographique (XIXe-Xxe s) : collections du musée et spécimens d'histoire naturelle (botanique, zoologie, paléontologie)
Objets et tableaux
Collection d'histoire naturelle constituée vers 1820 : environ 220000 spécimens (insectes, coquillages, plantes, fossiles, etc.), dont collection de minéraux de Henri Coquand
Importante collection d'oeufs de dinosauriens découverts dans un site de la Montagne Sainte-Victoire (Roques-Hautes)
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