Les documents
Fonds manuscrits non administratifs antérieurs à 1790
divers documents provenant de la collection de Saporta (botanique)
Fonds manuscrits non administratifs postérieurs à 1790
Divers documents d'érudits : Saporta (herbiers) , Gaudion, Bigot, Gourret (botanique, Malacologie, Entomologie)
Fonds imprimés XIXe-XXIe siècles
très important fonds documentaire (environ 60000 ouvrages et revues), principalement : zoologie, botanique, paléobotanique, paléontologie, géologie, préhistoire.
Nombreux usuels, tirés-à -part, catalogues de musées.
Fonds particuliers : Gaston de Saporta (herbiers et bibliothèque); fonds du commandant Gaudion (Malacologie et bibliothèque) et fonds Louis Bigot (7000 espèces et plusieurs centaines de thèses); fonds de P. Gourret (bibliothèque)
Thèses
plusieurs centaines
Périodiques et journaux
1300 titres
Fonds photographiques et cartes postales
oui, en cours de classement
Cartes, plans et plans cadastraux
collection de cartes géologiques intéressant la Provence et le bassin méditerranéen
Objets et tableaux
collections du musée : plusieurs dizaines de milliers de pièces (dont collections de Philippe Matheron) : 200000 espèces taxonomiques (correspondant à 2.000.000 d'échantillons)
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