Les documents
Fonds imprimés XIXe-XXIe siècles
ensemble documentaire sur l'antiquité (celto-ligure, gauloise, grecque et romaine), tous domaines : histoire, archéologie, techniques de fouilles, découvertes régionales, archéologie européenne, archéologie du bassin méditerranéen, particulièrement les sites européens du Sud [Espagne, Grèce, Iles de la Méditerranée, Italie et côte Provence-Languedoc] : sociologie, problèmes agraires de l'antiquité, populations antiques, épigraphie grecque et romaine, archéologie comparative, etc.; importante documentation concernant la préhistoire, la protohistoire et le monde celto-ligure; fonds sur la conservation et l'exploitation des objets de fouilles (particulièrement les épaves de bateaux antiques) et des monuments (traitement, restauration, consolidation, classement, etc.)
Le musée dispose d'un fonds particulier relatif à l'archéologie sous-marine et s'attache à développer l'étude comparative stylistique des amphores et des dolia retouvées lors de fouilles sous-marines (épaves) réalisées à Fos-sur-Mer et dans les environs de l'Etang de Berre. Nombreux travaux concernant les fouilles effectuées sur l' oppidum du Castellan.
Petit fonds d'histoire locale.
Fonds complémentaires à la Médiathèque.
Fonds photographiques et cartes postales
fouilles régionales et locales
Cartes, plans et plans cadastraux
cartes archéologiques
Objets et tableaux
collections du musée : amphores et dolia (découvertes dans plusieurs épaves romaines); la figure de proue dite ""au sanglier""; collection de marques peintes sur amphores; céramiques d'Etrurie, de Campanie et gauloise; salle lapidaire contenant de nombreux vestiges romains; matériel de fouilles collecté sur l'oppidum du Castellan (VIIIe av. JC-IIIe ap. JC) (poteries, verrerie, fibules, céramiques)
Section d'arts et traditions populaires retraçant la vie d'Istres autrefois (costumes, ustensiles, reconstitution d'une cuisine provençale, mobilier, etc.)
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