Les documents
Fonds imprimés XIXe-XXIe siècles
environ 8000 titres : tous sujets sur les milieux marins, biologie marine, prospection sous-marine, écologie marine, géographie marine, aquaculture, biodiversité, biogéographie, paléogéographie, chimie de l'eau, etc. Belle collection de comptes rendus d'expéditions et de récits de voyages. Nombreux livres à planches aquarellées, lithographies, dessins.
Thèses
1400 titres : mêmes sujets (l'un des plus importants fonds français)
60 rapports d'expéditions scientifiques
550 rapports de DEA
Périodiques et journaux
1500 titres (170 vivants, 1000 ml).
Fonds photographiques et cartes postales
5000 microfilms (principalement des articles de revues spécialisées)
Cartes, plans et plans cadastraux
environ 1000 documents XIXe et XXe siècles : cartes marines, profils de côtes, cartes bathymétriques. (en cours d'inventaire)
Objets et tableaux
portrait du fondateur Antoine-Fortuné Marion, par Bernard Valère (1860-1936)
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